A Infraestrutura do PPGEC é oferecida pela Universidade Federal Rural Pernambuco, tais como prédios acadêmicos, administrativos, bibliotecas, recursos tecnológicos e pessoal necessário (servidores públicos concursados e terceirizados) à consecução dos fins e objetivos do Programa.
As dependências físicas englobam duas salas de aula mobiliadas com capacidade para 50 pessoas (sala 1B) e 15 pessoas (sala 2B); uma sala de estudos com copa e local de descanso; uma sala de reuniões com capacidade para 25 pessoas e uma sala para a coordenação e secretaria, com dois ambientes separados fisicamente. As salas são climatizadas e com bom sistema de internet, quadro e recursos multimídia. Além dessas dependências, é comum haver utilização colaborativa de outras salas dos Prédios A e B do Departamento de Educação, onde está localizado o PPGEC.
O Programa dispõe também de infraestrutura interdepartamental, baseada na participação dos professores do Programa. Entre outros, podemos citar:
• Auditórios - Departamentos de Educação, Química e Biologia
• Bibliotecas Central e Setorial
• Brinquedoteca da Unidade Acadêmica de Educação a Distância e Tecnologia (UAEADTec)
• Cátedra Paulo Freire - Educação para a Sustentabilidade (Departamento de Educação)
• Grupo de Pesquisa em Educação Ativa (GPEA) – Departamento de Química
• Laboratório Científico de Aprendizagem, Pesquisa e Ensino (LACAPE) – Departamento de Educação
• Laboratório de Estudos Meiofaunísticos e Socioambientais (LEMS) – Departamento de Biologia
• Laboratório para Educação Ubíqua e Tecnológica no Ensino de Química ( LEUTEQ) – Departamento de Química
• Laboratório de Pesquisa em Ensino de Ciências (LAPEC) - Departamento de Morfologia e Fisiologia Animal
• Laboratório Semente - Departamento de Química
• Núcleo de Pesquisa em Ensino e Aprendizagem baseados na Resolução de Problemas (NUPEABRP) - Departamento de Química
• Sala de Estudo e de Informática - Departamento de Educação